Вивчення Y-ДНК дає відповіді на складні питання в самих різних ситуаціях, коли необхідно визначити зв'язки між передбачуваними членами однієї сім'ї або навіть великими групами людей:
- Встановлення спорідненості. Можна використовувати для підтвердження будь-яких родинних зв'язків між чоловіками, що особливо цінно, коли немає документальних доказів. Дозволяє знайти зв'язку між людьми, які підозрюють зв'язок, але не впевнені в цьому через різних прізвищ і відсутності документів.
- Еміграція. Аналіз ДНК по чоловічій лінії допомагає тим людям, які планують переїхати до близьких в іншу країну, але їм необхідно підтвердження сімейних уз.
- Генеалогія. Для встановлення біогеографічної родоводу. Дозволяє визначити походження предків людини, їх географічні міграції, а також етнічну приналежність.
- Медицина. Існує зв'язок між Y-хромосомою, імунною системою і складними полігенними ознаки. Це дозволяє проводити YDNA-тести з медичною метою - для визначення схильності до тих чи інших захворювань.